Биологический каталог




Принципы структурной организации нуклеиновых кислот

Автор В.Зенгер

аминокислотах 417 ---нуклеозидах и фосфате 122

— сверхвитков 489 я-Повороты 362-364. 271, 327 Полиамины, связывание с тРНК 367 ---В-ДНК 397-398

Поликсантиловой кислоты двойная спираль 337

Полиморфизм ДНК 241

Полинуклеотиды 106, 116, 250-253, 426. См. также ДНК, РНК

— зависимость n/h 114-117 Полуинвариантные нуклеотиды тРНК 355 Полуэмпирический потенциал S3 Последовательность оснований в ДНК

576

Предметный указатель

239, 249, 250 ---- специфичность связывания катионов

256, 267-269 ----и гомология репрессорных белков

455

----зависимость структуры от нее 243,

272-273, 283-284

----- стэкинга 158-160

Потенциал жесткой сферы 52

Преальбумин, взаимодействие с ДНК 462

Пропеллер 38. См также Угол пропеллера

Пространственная группа 43, 45 Протамины в комплексе с ДНК 429 ----тРНК 431, 433

Протонирование и координационное связывание металлов 229, 230

- оснований 69

- ADP 126

Прототропная таутомернзация 129. 130 Профлавин 380-381

Псевдовращение, величина изгиба (тт) 69

- фазовый угол Р 71, 75, 76 Псевдовращения цикл 31-33

- энергетическая карта 76 Пуромицин 12, 216-218 рК 124-129

poly (А) 324-327

Райзинг Wr 486^188 Рамка считывания 371 Расплетающие белки 458-459 Рентгеновская дифракция на волокнах 57, 58-59, 60. 245

----для гибридов poly (I)- poly (С) 301

-----гомополимеров 321-329, 339, 341

-----А-ДНК 273

-----В-ДНК 280

-----С-ДНК 292

-----D-ДНК 296

-----L-ДНК 388

-----Т-ДНК 300

-----S-ДНК см. Z-ДНК

-----Z-ДНК 306

- кристаллография см. Кристаллография Рентгеноструктурный анализ 42-60, 276 сто-Репрессор 450, 452-454 ^-Репрессор 454, 458

Рибоза, планарная конфигурация 181, 812, 185

- структура 84

Рибонуклеаза А 188, 194-195, 437

- S 437, 440, 441, 445

- Tt 445-446

Рибонуклеазы (РНКазы) 185, 441, 444-445 Рибонуклеиновая кислота см. РНК РНК 21, 241, 244, 250, 251, 255-256, 261, 403

- двойная спираль типов А и А' 241, 244, 261, 262-264

---хугстеновского типа 265

- желобки 261

- конформационные параметры 250-251

- неэквивалентные цепи двойной спирали 265

- параметры спирали 252, 261

- раскрытие пар 169-171

- свободная энергия 168

- связывание с металлами 221

- семейства 246

- структура в волокнах 241, 245

- структурный консерватизм 241, 249

- транспортная см. тРНК

- тройная спираль 261, 264-265 Роданаза 439

Россмана домен 435, 438

Самосогласованного поля метод 53, 54, 73

Сателлитная ДНК 246-247 Сахара рК в нуклеотидах 125

- геометрия связей 65, 70 См также Фураноза, геометрия связей

- конформацни 69

- антикорреляция в В-ДНК 281, 289

- в месте (А - В)-контакта в ДНК 349, 350

---тРНК 361

--- циклических нуклеотидах 188-190

- изменения при интеркаляции 381

- ориентация заместителей 72

- причины 73, 75, 77

- син-анти 84

- твист 30

- типы 30-31, 69

- определение методом ЯМР 62, 188

- плотность заряда 106. См также Фураноза, плотность заряда

- связывание с металлами 223

- структура 65-73

- энергия 60. См. также Фураноза, энергия

Сверхвитков плотность 489

Сверхспираль ДНК 492

я-Связи 98, 100, 102. См. также л-Взаимо-действие в связи Р—О

Сдвиг рамки считывания 371

Седиментации коэффициент 378

Сера как акцептор водородной связи 204

Симметрия в комплексах белков с нуклеиновыми кислотами 422, 423, 453-457

- коре нуклеосомы 473-475, 476

- полинуклеотидных комплексах 138-141

- тРНК 356-357

- спирали 242-243

Семейства природных ДНК и РНК 246

Предметный указатель

577

— двойных спиралей типа А 250, 247-255 ----В 245, 247-259

---Z 312

Слоевой линии номер 57 р-Слой 421^122, 450, 452-454 Слэтера-Кирквуда уравнение 52 Смещение пар оснований от оси 38, 39, 252-253

Соединение спиралей А- и В-типа 349-351

Солевые мостики 426

Соленоидальная структура хроматина 478, 480

Спаривание оснований в гомополимерах 320

— нестандартное в тРНК 357-358. См. также «Качание» оснований

Спектроскопические методы 41, 61. Си.

также ИК-спектры, УФ-спектры Спермин, связывание с ДНК 398 ---тРНК 370

Спин-решеточная релаксация 61

Спираль двойная см. Двойная спираль

— модель Изинга 161

— образование по механизму «застежка-молния» 160

— одноцепочечная 154, 319-321, 330

— параметры 37

— А-типа 278, 279

— для олигонуклеотидов 260, 278, 286, 287

---ДНК и РНК 245, 250-253, 286, 288

---Z-ДНК 307

— симметрия 242

— трехцепочечная (тройная) 261, 264-265, 292

— четырехцепочечная 319, 339, 492 сх-Спираль белка 420

— взаимодействие с двойной спиралью нуклеиновых кислот 422-423, 453, 458

----В-ДНК 422, 450, 452-454

----одноцепочечной РНК 447

----фосфатами 447

Спиральные молекулы 44, 58-59 Стабилизации энергия ДНК 403

— Z-ДНК, факторы, влияющие на нее 315 Стабильности матрица В-ДНК 167 Стандартные отклонения в геометрии связей 50, 67, 68

Структурная амплитуда Fftt( 43 Структурные характеристики ДНК 255 Структурный фактор 44 Стэкинг оснований 134, 151-160, 258, 360

— в двойной спирали 308-310 ---тРНК 362-364

— и аминокислот 125 ----ароматических 425, 431

— силы, стабилизирующие его 156

- фосфат-основание 361, 363, 364

S—N-взаимодействия 265-266, 334, 336

Таутомерия (таутомеризация) 63, 129, 131, 171

- изогуанозина 132

- определение методом ЯМР 130 Таутомерные формы оснований 65, 122,

174

---и мутации 173, 175

---енольная и иминоформа 129-130, 173

---модифицированных 32

Твист-конформация сахарного кольца 30 Тепловое движение 49

Термодинамика образования пар оснований 143

- стэкинга оснований 153 Тетрагидрофуран 69 Тетраметилцитозин 69 Тиминовые димеры 205, 206 Тиокетогруппа (С—S-rpynna) 204-206 2-тиокетозамещение 334 4-тиоуридин 86, 206 Тиофосфатная группа 211 Тирозил-тРНК-синтетаза 147, 437 Топоизомеразы 484, 491 Топологическая изомеризация ДНК 190

- проблема в кольцевых ДНК 483 Топологических витков число 489 Тороидальные структуры ДНК 467 Торсионные углы 27-29

- в нуклеозидах 70

--- олигонуклеотидах 106-107, 279

--- пирофосфатной группе 103

--- полинуклеотидах 106-107, 250-251

---тРНК 105

- зависимость % от 6 288-289 -----Z-ДНК 309

-----тРНК 365

- корреляция 113-114, 278 Трансверсии 175 Транскрипция 482-483

- терминаторы 351 Трансляция 171 Трансэтерификация 185, 194

Третичная структура сверхспирализован-

ной ДНК 492 Тридентатные хелаты 238-239 Триплет (ы) 176 тРНК 354

- антикодон 371

- взаимодействие оснований 357-361

- гипермодифицнрованные основания 201, 371

- зависимость %, 6, а, ? 364-366. См. также тРНК, конформационный круг

- изломы 360-361, 371

- инвариантные и полуинвариантные нук-

578

Предметный указатель

леотиды 355

- интеркаляция оснований 361

- и пуромицин 216-217

- «качание» оснований 175-177, 357-360

- «клеверный лист» 354, 356

- комплекс с протамином 431-432

- конформационный круг 105, 364-365

- конформация сахара 361

- минорные нуклеозиды 198-199, 200, 354

- it-повороты 362-364

- связывание металлов 367-370

- полиаминов 367

- спермина 370

- стереохимические корреляции 341

- структура 354-374

- стэкинг фосфат-основание 364

- третичная структура 356

- узнавание мРНК 175

- Г-форма 355, 356-357 Тройные спирали 261, 264, 292 «Тяжелых атомов» метод 47, 54-55

Угол двугранный 27, 28

- валентный О—Р—О 102-103

- крена GR 38, 39

- наклона 8] 38, 39

- падения 8М( 43

- пропеллера ВР 38, 39, 281, 284

- валентный О—Р—О 102-103

- спирального вращения 37, 38, 245, 252 253

- х 29, 33-35, 86, 88, 89, 91 Узнавание нуклеиново-белковое 435 Уотсон-криковские пары оснований 15, 141-

143, 150, 176 Уридин 34

Уридин-5'-фосфат 208 УФ-спектры 63, 397

Фага Т2 ДНК 272, 296, 299-300 Фазовая диаграмма 248

- проблема 46 Фазовый угол Р 31-32

Фиксированная конформация нуклеозида

178-185 Флаводоксин 439

Фосфатная группа 98-101, 124-127

- в В-ДНК с чередованием конформацни 291

---Z-ДНК 310

- взаимодействие с аминокислотами 416

- плотность заряда 123

- полная энергия связей 100

- стэкинг с основаниями в тРНК 363, 364

— рК 126-127

Фосфаты, богатые энергией 102-104

- гидролиз 191-192

Фосфоглицераткиназа 439 Фосфор, атомные орбитали 98-99 Фосфотиоаты 208-211 Фосфоэфирная связь Р—О 100-102 Фураноза (фуранозное кольцо) 69, 71-83, 85

- геометрия связей 82

- плотность заряда 123

- энергия 73-76

Химический сдвиг 8 61 Хиральность 209

Хроматин 19, 471-472, 477-482, 483 Хромосомная ДНК бактериальная 469

- у эукариот 469-471 Хугстеновские пары оснований 265 Хюккеля метод 54, 72, 123

Цвиттерионы 269, 328

Циклические нуклеотиды 185. См. также

Аденозинмонофосфат циклический Циклодекстрнны 408-411 Цилиндрические координаты 39 Цнтидин 14

Цитидил-(2',5')-аденозин 437, 440 Цитокинины 200-201

Шаг спирали 37, 57

- ДНК 245

- РНК 261

Шпильки 167, 168, 170, 334

Энергия вращения вокруг гликозиднои связи 97

- запасание путем сверхспирализации 486

- изменение в цикле псевдовращения 75

- потенциальная, расчеты 41, 51, 66, 73, 97, 110-114

- связей 135

- полная в фосфатной группе 100

- фураноз 73-76 Экваториальные заместители 72 Электронная комплементарность 150

- плотность 43-44, 47-48, 56

- разностная 47

Электроотрицательность и конформация сахара 78-79

- свойства водородных связей в ДНК 145, 146

Электростатические кулоновские взаимодействия 52

Электростатический потенциал в ДНК 256 257

Элементарная ячейка кристалла 42-43 Эукариотическая хромосомная ДНК 469-471

Эфирные связи Р О и С—О 104-112 Ядерный магнитный резонанс 61-63

Оглавление

Предисловие редактора перевода............... 5

Предисловие........................ 9

Глава 1. Почему мы изучаем структуру нуклеотидов и нуклеиновых

кислот?..................... 11

Глава 2. Термины, необходимые для описания структуры нуклеиновых

кислот...................... 21

2.1. Основания, нуклеозиды, нуклеотиды и нуклеиновые кислоты: номенклатура и символы............. 21

2.Z Система нумерации атомов.............. 26

2.3. Торсионные углы и интервалы их значений...... 27

2.4. Определение торсионных углов в нуклеотидах...... 29

2.5. Конформация сахарного кольца. Цикл псевдовращения ... 30

2.6. Син/анти-конформация. Вращение вокруг гликозидной связи 33

2.7. Ориентация относительно связи С4—С5......... 35

2.8. Параметры спирали. Система водородных связей между

основаниями................... 37

Краткое содержание................ 40

Глава 3. Методы: рентгеновская кристаллография, расчеты потенциальной энергии н спектроскопия ............. 41

3.1. Анализ кристаллической структуры малых молекул .... 41

3.2. Расчеты потенциальной энергии........... 51

3.3. Кристаллография макромолекул............ 54

3.4. Определение структуры волокон............ 56

3.5. Спектроскопические методы............. 61

Краткое содержание................ 63

Глава 4. Структура и конформационные свойства оснований, фураиоз-

иых Сахаров и фосфатных групп........... 65

4.1. Геометрия оснований................ 65

4.2. Основные конформации сахара............ 69

4.3. Факторы, влияющие на конформацию фуранозы..... 78

4.4. Длины связей и валентные углы в фуранозах..... 82

4.5. Конформации син и анти.............. 84

4.6. Высокая-анти ( — ск)-конформация........... 91

4.7. Факторы, влияющие на соотношение между син- и анти-

580 Оглавление

конформерами. Исключительное положение гуанозина ... 92

4.8. Ориентация относительно связи С4—С5-........ 94

4.9. Факторы, влияющие на ориентацию относительно связи

С4—С5...................... 96

4.10. «Жесткий нуклеотид»................ 97

4.11. Фосфомоно-, фосфодиэфирные группы и пирофосфатная связь. Характер связи и геометрия............. 98

4.12. Ориентация относительно эфирных связей С—О и Р—О 104

4.13. Корреляция между торсионными углами в нуклеотидах и нуклеиновых кислотах............... 113

4.14. Спираль или неспиральная структура, а если спираль, то

какая именно?.................. 114

Краткое содержание................ 118

Глава 5. Физические свойства нуклеотидов: плотность заряда, рК, спектры и таутомеризация................ 122

5.1. Плотность заряда................. 122

5.2. р/с оснований, Сахаров и фосфатных групп. Места нуклео-фильной атаки................... 124

5.3. Таутомерия оснований............... 129

Краткое содержание................. 133

Глава 6. Силы, стабилизирующие ассоциаты оснований: водородные связи и стэкинг-взаимодействие.............. 134

6.1. Свойства водородных связей............. 134

6.2. Типы водородных связей между основаниями: симметрия полинуклеотидных комплексов............ 137

6.3. Детальная геометрия уотсон-криковских и хугстеновских пар оснований.................... 141

6.4. Образование пар оснований с точки зрения термодинамики, кинетики и законов квантовой химии: электронная компле-ментарность.................... 143

6.5. Вертикальные взаимодействия между основаниями ... 151

6.6. Термодинамика стэкинг-взаимодействия......... 153

6.7. Силы, стабилизирующие стэкинг оснований: гидрофобные связи и лондоновские дисперсионные силы....... 156

6.8. Образование и разрушение двойной спирали происходят кооперативно................... 160

6.9. Таутомерия пар оснований и «качание»: структурные аспекты спонтанных мутаций и генетический код.......171

Краткое содержание................ 177

Глава 7. Модифицированные нуклеозиды и нуклеотиды; иуклеозидди-

и нуклеозидтрифосфаты; кофермеиты и антибиотики . . . . 178

7.1. Ковалентные связи между основанием и сахаром, фиксирующие их в определенной конформацни; эталоны для спектроскопических методов................ 178

7.2. Циклические нуклеотиды............... 185

7.3. Нуклеозиды с модифицированным сахаром: галогензамещен-

ные, арабино- и а-нуклеозиды............ 193

7.4. Модифицированные основания: алкилирование аминогрупп (цитокинины) и эндоциклических атомов азота, тиокетоза-

Оглавление 581

мещение, дигидроуридин, тиминовые димеры, азануклеозиды 200

7.5. Хиральный атом фосфора в нуклеозидфосфотиоатах . . . 208

7.6. Пирофосфатная группа в составе нуклеозидди- и нуклеозид-трифосфатов,' а также нуклеотидных коферментов .... 211

7.7. Нуклеозидные антибиотики: пуромицин......... 216

Краткое содержание................ 218

Глава 8. Связывание ионов металлов с нуклеиновыми кислотами . . . 220

8.1. Влияние связывания ионов металлов на биологические свойства нуклеиновых кислот.............. 220

8.2. Способы связывания ионов металлов с нуклеотидами и предпочтительные места координационного связывания . . . 222

8.3. Координационное связывание платины.........231

8.4. Координационное связывание ионов металлов с нуклеозидди- и нуклеозидтрифосфатами: номенклатура геометрии бидентатных Л/А и тридентатных Л/А/эндо/экзо хелатов . . 232 Краткое содержание................. 239

Глава 9. Полиморфизм ДНК и структурный консерватизм РНК. Классификация А-, В- и Z-типов двойных спиралей...... 240

9.1. Полиморфизм двойных спиралей........... 241<

страница 78
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79

Скачать книгу "Принципы структурной организации нуклеиновых кислот" (9.68Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [обратная связь]

п»ї
Rambler's Top100 Химический каталог

Copyright © 2009
(07.12.2019)