Биологический каталог




Принципы структурной организации нуклеиновых кислот

Автор В.Зенгер

ные» 360

- циклические 407-410

- электростатическая природа 150

- С—Н ... 05 96-97

Волокна ДНК в хроматине 477-482

- определение структуры 56

- получение 56-57 Вращательный потенциал 53

Галогензамещенные нуклеозиды 193

- нуклеотиды 92. См. также по названиям

Гексокиназа 437 Генетический код 171-172, 175 Гетеродромные структуры 408-409 Гибриды ДНК-РНК 280, 300-302 Гидратация ApU, GpC 267 -А-и В-ДНК 405-406

- ДНК теоретическая 402

- олигонуклеотидов 404-407

- переходы форм ДНК 396, 406-407

- структуры типа «айсберг» 404. См. также Вода льдоподобная

Гидратные оболочки в молекулах нуклеиновых кислот 393-396, 400-407 Гидролиз АТР 104

- фосфодиэфиров 191-192 Гидрофобные силы 156-157 Гидрофобный карман 438 Гипермодифицированные основания 371.

См также Аденин гипермодифицирован-ный

Гиперхромизм 63, 161 Гиперхромный эффект 161 Гиреровские деревья 424, 492 Гистон HI 472, 478, 480, 482, 483 Гистоновый октамер 473, 475-477 Гистоны 471-472

- в хроматине 478-482. См. также Гистоновый октамер

Глицеральдегид-З-фосфатдегидрогеназа 436, 438, 439

Гомодромные структуры 408-409 Гомополимеры 319 Гош-эффект 78, 109-110, 112, 200 Гуанин 23, 24

- узнавание рибонуклеазой T1 445-446 Гуанозин 23

- образование геля 339

- предпочтительная ориентация 93-94

Дауномицин 385-387

Двойная связь в основаниях 66

36»

— спираль «вертикальная» 351-352

— взаимодействие с аминокислотами 421

----Р-слоем 421-422, 450, 452-454

----а-спиралью белков 422. 450. 452-

454

— гомополимеров см. Гомополимеры; ДНК, полинуклеотиды; Поликсантило-вая кислота

— желобки 39, 245, 255

— левая 324. См. также В-ДНК левая, Z-ДНК

— мини 267, 371

— неэквивалентные цепи 265

— нуклеация 160, 162

— параллельная и антипараллельная ориентация цепей 319, 320

— параметры 250, 252, 255. См. также Z-ДНК, параметры

— переход спираль-клубок 63, 162

— плавление 163

— поликсантиловой кислоты 337

— РНК 261

— смещение центра пар оснований от оси 38, 252-253

— торсионные углы 106-107, 250

— энергетический профиль образования 160, 162

— poly (АН+) poly (АН + ) 328

- poly(G), poly(GH+) 341-342

- poly(s2U) 334-337

— poly(U) 334-337

— poly(X) 334

Дегидрогеназы 216 См. также по названиям

— комплексы с NAD* 436-437, 438, 439 Дезоксиаденозин 24

Дезоксирибоза 84

Дезоксирибонуклеиновая кислота см. ДНК Дель Ре метод 53 Дигидроуридин 206 Дигидрофолатредуктаза 436, 440, 447 Димеры тимина 205, 206 Диметилфосфат, конформационная карта ПО

Динуклеозидфосфаты ApU, GpC 267 d(GpC), GpC 380 d(TpA) 290 UpAH+ 269-271

Дипольный момент оснований 124

— а-спирали 447 Дисперсионные силы 52, 156-158 Дисперсия оптического вращения 63 Длины связей в нуклеотидах 68 ДНК 21

— беспорядочные колебания в структуре 348

— бусины, нити с бусинами 407, 467

Предметный указатель

в волокнах 244, 245

— хроматине 481

— хромосомах 16, 19, 469-482 взаимодействие с синтетическими полипептидами 428-431

— сго-репрессором 450, 452-454

— ^.-репрессором 454 водородные связи 134-138 гибкость 349

гибриды с РНК 280, 300-302 гипотетические спиральные структуры 343-345

двойная спираль 13-15, 241, 272, 349, 351, 474-476 См. также по названиям форм ДНК

доступность для растворителя 398-402 и белки, взаимодействие 402, 413

— связывающиеся с ней 450, 458

— соотношение в хромосомах 471 изгибы 280, 476, 439

изломы 343, 346-351 интеркаляция 375 количество у разных видов 16 кольцевая 483-486, 489-492 комплекс с белком, активирующим катаболизм 455-458

— гена 5 фага fd 458-459, 460-461

— нетропсином 450, 451

— полиаргинином и полилизином 428-431

— преальбумином 462 конденсация 464

конденсированная в хроматине 481 кривые плавления 163, 169 линкерная в хроматине 480 микрокристаллы 467 модель «бок о бок» 343-345 нормальные колебания 348 осаждение спиртом 465-466 палочкообразные структуры 467 параметры спирали 245, 250-251 переход спираль-клубок 162 персистентная длина 281 площадь поверхности 400 полиморфизм, полиморфные модификации 241, 272

расплетающие белки 458—459 сателлитная 246-247

сверхспиральная 464-466, 475-476, 483-492

связывание с металлами 220, 231

— Lys—X—Lys 431, 432 семейства 246, 247 синтетическая 241 содержание G + С 247

— и тт 166 спейсеры 480 спектр КД 397

- поглощения 163

- состав, его влияние на структуру (модуляции последовательности) 242—243, 245-247, 272-273, 283-284

- стабильность 163, 167. См. также в-ДНК, стабилизация; Z-ДНК, факторы стабилизации

- структура в волокнах 244, 245 --- растворе 258

- зависимость от природы катионов 247

- структурные модуляции 272-273

- температура плавления 161-169

- типы структуры 245

---и содержание G + С 247

---влияние связывания с белками 431

- топологические проблемы 317, 483

- тороидальные структуры 467

- уровни структурной организации 464

- фага Т2 272, 299-300, 377

- фазовая диаграмма 248

- формы 241 См. также по названиям

- электростатический потенциал 256—257

- А 60, 241, 244, 245, 250-253, 255, 273-280

- А' 241, 244, 250, 252

- в 241, 244, 245, 251, 253, 272, 280-291

- в растворе 257, 397

- гидратация 403, 404, 406

- комплекс с протамином 429

- конформационные параметры 251, 253, 255

- левая 115, 455-457

- переход из левой в правую 115

- правая 115, 119

- рентгенограмма 60

- с чередованием конформацни 246, 291

- стабилизация 397, 403

- в' 292

- С 60, 244, 245, 251, 272, 292-296, 396

- С 241, 244, 245

- С" 241, 244, 245

- D 60, 241, 243, 251, 253, 272, 296-300

- Е 241, 245

- L 388

- S 245

- Т 272, 299-300

- Z 241, 244, 245, 304-318

- биологическое значение 316-318

- в растворе 311-312 ---хромосомах 317-318

- взаимодействие с растворителем 313— 314

- влияние на сверхспирализацию 489

- желобки 310-311

- и топология плазмид 317

- рентгенограмма 60

- структурные параметры 307

Предметный указатель

573

- стэкинг оснований 308-310

- теоретическое предсказание 116, 118

- транскрипция 318

- факторы стабилизации 315-316

- экспериментальные данные 304—307, 315-316

- Х/8-Диаграмма 309

- Z', Z,, Z„ 312-314

- а-В' 241, 244

- р-В' 241, 244

- ф 465

Желобки двойной спирали 39, 245, 255

---и гидратация 400-402, 403, 404-407

- в А- и В-ДНК 255-257 ----Z-ДНК 310-311

---образование водородных связей 418-

419

---РНК 261, 262

Жесткие лиганды 222

- нуклеотиды 97-98, 114, 433-434 Жесткой сферы потенциал 52

Заместители аксиальные, экваториальные 72

Заполнения коэффициент 49 Зацепления порядок 486-490

Изинга линейная модель образования спирали 161 Изгибы ДНК 280, 476, 349 Изломы в ДНК 343, 346-351

- тРНК 360. 361, 371 Изогуанина таутомеризация 132 Изодесмический процесс 153, 154 Изоморфизм пар оснований 37, 177 Изоморфное замещение 54-55 2',3'-0-изопропилидин 181, 182 ИК-спектры ДНК 63, 396 Инвариантные нуклеотиды тРНК 355 Интеркаляторы 382-383 Интеркаляция 375

- аминокислот в кристаллах пуромицина 218

- в L-ДНК 388

- двухстадийное связывание 376-377

- дауномицина 385

- и раскручивание ДНК 378, 381, 385

- изменение конформации сахара 381

- конформационные параметры комплексов 382-383

- модели 381, 385, 387

- нарушения дальнего порядка 385

- оснований в тРНК 361

- принцип исключения ближайших мест связывания 377

- соединений платины 231, 232, 389

- стереохимия 379

Инфракрасная абсорбционная спектроскопия см. ИК-спектры

Калладина правила 272-273, 281 Карплюса формула 61 Катенаны ДНК 491 Катионы см. Металлов ионы

- взаимодействие с ДНК 397

- и структура ДНК 247

•«Качание» оснований 175-177. См. также

Оснований спаривание нестандартное Кинетин 12, 20

Кинки 343. См. также Изломы «Клеверный лист» 354 «Книжной закладки» модель 431, 432 Кобальт, комплексы с ADP и АТР 235-

236, 437 Кодон 175

Конденсация ДНК 464-467 Конформации сахара основные 69

- и природа заместителей 78, 79

- эндо-экзо 71, 77, 78, 185, 190, 193

- син-анти 29, 33. 35, 84, 92-94, 178, 196, 216

---в гуанозине 93-94, 307, 309

----L-ДНК 388

----левой спирали ДНК 305-306

---профили энергии 90

---равновесие 79, 87, 90, 189-190

---факторы, влияющие на их соотношение 92

- фиксированная 178-185

- фуранозы, энергетическая карта 76

- Ол-эндо-Ол-экзо 71-73, 77

Конфигурационные взаимодействия возмущенных молекулярных орбиталей (КВВМО) 54, 72, 89, 95, 113

Конформационное пространство 113 Конформационные изменения нуклеотидов в комплексах с белками 434

- карты модельных соединений 110-111

- нуклеозидов 88-89

- круги для нуклеозидов 70 ---тРНК 105, 365

- параметры ДНК и РНК 250-251

- В-ДНК 286, 287

- комплексов интеркаляторов с ДНК 382-383

Конформация высокая-анти 34, 91, 178, 182, 207-208, 351, 352

- конверта 30

- предпочтительная у нуклеотидов 120

- относительно связи С4—С5- 35-36, 62, 94-97

Кооперативность образования и разрушения двойной спирали 160-161

- связывание ионов металлов с тРНК 368 Координационное связывание ионов метал-

574

Предметный указатель

лов с ди- и трифосфатами 232 -----основаниями 229-230

- число 228

Корреляция торсионных углов в нукле-

отидах 113, 278 ----тРНК 364

Коферменты 185, 211. См. также по

названиям Кристаллография макромолекул 54

- прямые методы 47 Круговой дихроизм (КД) 61, 63 Кручение (Tw) в сверхспирали ДНК 486 Кьюозин 202

Лазерная рамановская спектроскопия 61

Лактатдегидрогеназа 436, 439

Левые двойные спирали 324. См. также

Z-ДНК, В-ДНК левая Леннард-Джонса потенциал 52 Лиганды жесткие 222

Лондона дисперсия см. Дисперсионные силы

Магний (Mg2 + ) и гидролиз АТР 104

- комплексы с ди- и трифосфатами 232-233

- связывание с тРНК 104 Макроэргические соединения см. Фосфаты,

богатые энергией Малатдегидрогеназа 436, 439

6- меркаптопурин 204

Металлов ионы избирательность связывания 229-230

- координационные изомеры 233-236

- места координационного связывания 222-223, 224-225

- связывание и протонирование 229

---с атомами азота оснований 223

----гидроксильной группой Сахаров 223

----кетогруппой оснований 223, 226

----нуклеиновыми кислотами 220

----пирофосфатом 236—237

----тиокетогруппами 226

----тРНК 367-370

----фосфатной группой 223

7- метилгуанозин 202 6-метилурндин 34 2',3'-0-метоксиметиленуридин 181 Микрокристаллы ДНК 467 Мини-спираль 267, 371 Минорные основания 198-199

- нуклеозиды (нуклеотиды) в тРНК 198-199; 354-355. См. также Модифицированные нуклеозиды и нуклеотиды; Модифицированные основания

Модельные системы из белков с нуклеиновыми кислотами 423

Модифицированные нуклеозиды и нуклеотиды 178

- основания 127-128, 132, 200

- сахара 193 Мутации 148, 173-175

Натрия координационное связывание 256,

268-269, 332 Неоднозначное соответствие оснований

см. «Качание» оснований Нетропсин 450-451

Не-уотсон-криковские пары оснований 174 Неэквивалентные цепи двойной спирали 265

Никотинамидадениндинуклеотнд см. NAD+ Номенклатура нуклеиновых кислот 21

- Л/Д/эндо/экзо 236-239 Нуклеаза микрококковая 472

- стафилококковая 437, 440-441, 444 Нуклеиновые кислоты см. ДНК, РНК

- взаимодействие с белками 413, 435

- взаимодействие с а-спиралью и р-сло-ем белков 421-423, 452-453, 454-459

- модельные системы с полнпептидами 428

- номенклатура 21

Нуклеозидднфосфаты 211. См. также Пи-рофосфатная группа и по названиям

- связывание с металлами 232 Нуклеозидтрифосфаты 211. См. также по

названиям

- связывание с металлами 212, 232 Нуклеозид-2',3',0-циклофосфаты 185-186,

188-192

Нуклеозид-3',5',0-циклофосфаты 187, 188, 190-192

Нуклеозидфосфотиоаты 208-211 Нуклеозиды 24

- галогензамещенные 193

- минорные в тРНК 198, 354 конформация 70

- фиксированная 178-185 Нуклеосомы 471-482 Нуклеотиды 11-13, 24

- взаимодействие с аминокислотами 423-428

- длины связей 68

- «жесткие» 97-98, 114, 433-434

- комплексы с ферментами см. по названиям ферментов

- конформация см. Нуклеозиды, конформация

- предпочтительная 120

- конформационные изменения в комплексах с белками 434. 436-437

¦- открытая конфигурация 434

- связывание с металлами 230. См. также Координационное связывание ионов металлов с основаниями

- связывающиеся с ними домены бел-

Предметный указатель

575

ков 435, 438, 439

- физические свойства 122

- циклические 186-187. См. также Адено-зинмонофосфат циклический

- рК см. рК оснований Нумерация атомов 26

NAD+ 12, 25, 211, 215-216, 434, 435, 436

- в комплексе с дегидрогеназами 435, 436, 438, 440

—:— пируватом в лактатдегидрогеназе

437, 442-443 ----литием (Li+) 212 213, 443, 438

- конформация 212

- в комплексах с ферментами 92, 436 и/й-зависимость для полинуклеотидов 114-

117

Оверхаузера эффект 62 Олигодезоксинуклеотиды 404-407 Олигонуклеотнды ApU 267-269

Ар"АН+рАН+(АрАрА) 328-330, 331 GpC 267-269 UpAH+ 96, 269-271

- параметры спирали 260, 278, 286, 287

- структурные параметры 106, 107, 286 Олигорибонуклеотиды 267, 269

Осмия связывание с нуклеозидами 226 Основания 24

- ассоциация 143-150

- взаимодействие с аминокислотами 414-418, 424-426, 446

--- пептидной группой 425-426

- водородная связь С—Н...05. 96-97

- геометрия 65

- дипольные моменты 124

- длина связей 68

- интеркаляция в тРНК 361

- ковалентные связи с сахаром 178-185

- модифицированные, рК 127-129

- плотность заряда 122

- протонирование 69, 124-125

- связывание металлов 220

- спаривание 37, 143, 320, 357-358

- стэкинг 134, 285

- таутомерия, таутомерные формы 65, 122 Оператор 450-455

Палиндромные последовательности 423-

424, 453, 455, 492 Параметры спирали 37, 245 Пары оснований 139

- в гомополимерах 320, 334, 337 ---тРНК 356-361

- взаимодействие с аминокислотами 417-418

- геометрический изоморфизм 141 -- несимметричные 320, 334

- не-уотсон-криковские 174

--- и мутации 175

— перекрывание 257, 285, 289

— смещение от оси спирали 38, 39, 252-253, 255

— стабильность см. Основания, ассоциация

— таутомерия и мутации 171

— угол наклона 252-253

---пропеллера, пропеллерный поворот

(0Р) 38, 39, 141

— уотсон-криковское 15, 138-139, 141-142, 143, 145, 261, 264

— хугстеновские 141-143, 145, 261, 264, 265-266. 292, 293

— электронная комплементарность 150

— энергия взаимодействия 150

— образование (спаривание оснований) 37, 143

Паттерсона метод см. «Тяжелых атомов» метод Перекручивание ДНК 475 Перекрывание пар оснований 285 Переход форм ДНК 243, 296

---в гибридах ДНК-РНК 302

---и гидратация 395, 396, 406-407

---между семействами 246

---А-В 243, 247, 248

---B-Z 304, 314-318

Пептидная группа, взаимодействие с основаниями 425-426 Петли 167, 168, 170, 171

— свободная энергия AGnoJ]H 170 Пирофосфатная группа 100, 102-104, 211 Плавление ДНК 161-169

Плавления температура (7^,) 161-169

— зависимость от ионной силы 163-165

— и связывание пептидов 428, 431

---содержание GC-nap 166

Платина 232

— в антибиотиках 234

— интеркаляция в ДНК 388, 389

— координационное связывание 231, 234 Плотность заряда (распределение заряда)

в

страница 77
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79

Скачать книгу "Принципы структурной организации нуклеиновых кислот" (9.68Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [обратная связь]

п»ї
Rambler's Top100 Химический каталог

Copyright © 2009
(21.07.2019)