Биологический каталог




Ферменты рестрикции и их применение

Автор А.А.Янулайтис

ет неметилированную цепь в гемиметилированиой последовательности RGATm5CY/RGATCY. Xmal, согласно одной ссылке, [98], не расщепляет CCm5CGGG. В ссылке [106] приведены данные о пониженной скорости расщепления этой последовательности. XmnI расщепляет полностью ш5С-замещенную ДНК фага ХР12 [258]. XmnI с пониженной скоростью расщепляет ДНК, в обеих цепях которой метилирована последовательность GAAN.iTTm5C, [258].

4.4.4. Чувствительность изошизомеров к местоположению метилированного основания

Изошизомеры могут отличаться по чувствительности в отношении местоположения метилированного основания в узнаваемой последовательности нуклеотидов. Среди исследованных в этом аспекте ферментов удалось выявить 15 пар ферментов по разному реагирующих на метилирование одного и того же основания в узнаваемом участке (табл. 13; в таблице не приведены ферменты-изошизомеры, обладающие такой же чувствительностью к модификациям субстрата). Кроме того рестриктазы Sau3A I, Mbo I и Dpn I различаются не только по чувствительности к модификации аденина в узнаваемом участке 5'Gm6ATC, но в случае Dpn I именно только такой (модифицированный) субстрат и расщепляется этим ферментом.

57

Таблица 13

Изошизомеры, отличающиеся по чувствительности к идентичной _модификации субстрата_

J* Метилированный сайт3 Расщепляет^ He расщепляет®

1. Cm5CGG Msp I Нра II

2. Cm«CGG Msp I Нра II

3. CCm5CGGG Xma I Sma I

4. Cm5CWGG BstN I EcoR II

5. Gm6ATC Sau3A I (Dpn I)* Mbo I

6. GATm5C Mbo I Sau3A I

7. GATm4C Mbo I Sau3A I

8. GGTACm5C Kpn I Asp718 I

9. GGTAm5Cm5C Kpn I Asp718 I

Ю. GGWCm5C All I Ava II

11. RGm6ATCY Xho 11 Mfl 1

12. T^CCGGA Асе III BspM II

13. TCm5CGGA Асе III BspM II

14. TCCCGGm6A BspM II Асе III

15. TCGCGm6A Sbol3 I Nru I

a—ом. пункт «а» примечаний к табл. 12. б — фермеит классифицируется нечувствительным к метилированию, если скорость расщепления метилированного сайта снижается не более, чем в 10 раз по сравнению со скоростью расщепления иеметилироваиной последовательности. Если метилирование вызывает более чем 20-ти кратную ингибицию фермента по сравнению с неме-тилированным субстратом, то фермеит считается чувствительным к метилированию.

* Dpn I расщепляет только метилированный субстрат.

4.4.5. Чувствительность рестриктаз

к mSCG и mbCNG метилированию субстрата

Эукариотическая ДНК животного и растительного происхождения содержит т5С в основном в составе CG динуклеотида. Кроме того значительная его часть в растительной ДНК может находиться в CNG последовательностях. Поэтому сведения о чувствительности рестриктаз, узнаваемые участки которых содержат эти элементы, к их метилированию представляют большой интерес. Эти данные представлены в табл. 14 и 15.

4.4.6. Чувствительность рестриктаз

к dam и dcm зависимому метилированию

Немаловажное практическое значение имеет сведения о чувствительности рестриктаз к метилированию, осуществляемому в Е. coli dam и dcm метилазами [101, 168, 243, 247]. Эти мети-лазы содержатся в большинстве штаммов Е. coli, используемых для получения различных как природных, так и рекомбинант-ных молекул ДНК (фаги, плазмиды). Поэтому они оказываются частично или полностью метилированными в следующих участках: 5'Gm6ATC [168] (dam — зависимое метилирование) и 5'Cm5C(A/T)GG [101, 247] (dcm — зависимое метилирование).

58

Таблица 14

Рестриктазы, нечувствительные к метилированию CG и CNG, находящихся в составе узнаваемого участка или частично перекрывающихся с нима

т6СО входит в сайт узнавания® СО может частич- m5CNO входит ra5CNO может час-

но перекрываться тично перекрываться

с узнаваемым в сайт узиаваиия3 с узнаваемым сайтом3

сайтом® Асе Ш

(TCCGAA) Asu II (TTCGAA)

Ban I (GGCGCC)

Cfr9 I (CCCGGG) Msp I (CCGG) Taq I (TCGA) TthHB I (TCGA) Xma" I (CCCGGG)

Afl I (GGWCC)

BamH I

(GGATCC) Bst I (GGATCC)

BstE I(GGTNACC) EcoR V (GATATC) Fok I (CATCC) Hae III (GGCC) Hinc II (GAYRAC) Hinf I (CANTC) Нра I (GTTAAC) Крп I (GGTACC) Mbo II (ГСТТС)

Aac II (CCWGG)

Acc III

(TCCGGA) Ару I (CCWGG)

Ava I (CCCGGG) BspN I (CCWGG) BstN I (CCWGG) Cfr9 I (CCCGGG) Xma I (CCCGGG) Mva I (CCWGG) TaqX I (CCWGG)

Afl I (GGWCC)

BstE II

(GGTNACC) EcoR V

(GATATC) Fok I (CATCC) Hinc II (GTYRAC) Hinf I (GANTC) Нра I (GTTAAC) Mbo II (TCTTC) Kpn I (GGTACC)

a — ом. пункт «а» примечаний к табл. 12. б — в скобках приведена последовательность нуклеотидов, узнаваемая данной рестриктазой. Цитозииы, входящие в состав CG или CNG, метилирование которых не препятствует действию данной рестриктазы, выделены полужирным шрифтом.

Таблица 15

Рестриктазы, чувствительные к метилированию CG и CNG, находящихся в составе узнаваемого участка или частично перекрывающихся с ним9

ш5СО входит в сайт узнавания® CG может частично перекрываться с узнаваемым сайтом® m5CNO входит в сайт узнаванияб m5CNO может частично перекрываться с узнаваемым сайтом®

1 2 3 4

Асе II (CGCG) Aha II (GRCGYC)

Aos II (GRCGYC)

Ava I (CYCGRG)

Вер I (CGCG)

Bsp Mil

(TCCGGA) BssH II

(GCGCC) BstU I (CGCG)

BsuE I (CGCG)

BsuM I

(CTCGAG)

Ара I (GGGCCC) Asp718 I

(GGTACC) Ava II (GGWCC)

Bme216 I

(GGWCC) BspM I

(ACCTGC) EcoR I (GAATTC)

Hga I (GACGC)

Nhe I (GCTAGC)

Sau3A I (GATC)

Sau96 I (GGNCC)

Bbv I (GCNGC) BspM II

(TCCGGA) BsuF I (CCGG)

BsuQ I (CCGG)

СПб I (CAGGTG)

CfrlO I

(RCCGGY) Csp I

(CGGWCCG) Eag I (CGGCCG)

EcoR II

(CCWGG) Fnu4 I (GCNGC)

AIu I (AGCT) Ара I (GGGCCC)

Asp718 I

(GGTACC) Ava II (GGWCC)

BamH I

(GGATCC) Bgl II (AGATCT)

Bme216 I

(GGNCC) BspM I

(ACCTGC) Bst I (GGATCC)

BsuR I (GGCC)

59

Продолжение табл. 15

5CG входит в сайт узнавания^ CO может частично перекрываться с узнаваемым сайтом® m5CNO входит в сайт узнаванияб ra5CNO может частично перекрыться с узнаваемым сайтом®

1 2 3 4

BsuR II (CTCOAG) Cfo I (GCOC) Cla I (ATCOAT) Csp I (CGGWCCO) Eaq I (COGCCO) Eco47 III (AGCOCT) FnuD II (CGCG) Fsp -I (TGCGCA) Hae II (RGCGY) Hap II (CCGG) Hha I (GCGC) HinP I (GCGC) Нра 11 (CCGG) Мае II (ACGT) Mlu I (ACGCGT) Nae I (GCCGGC) Nar I (GGCGCC) Ngo I RGCGCY) Not I (GCGGCGC) Pvu I (CGATCG) Rsr II (CGGWCCG) Sal I (GTCGAC) Sma I (CCCGGG) Tha I (CGCG) Xho I (CTCGAG) Xor II (CGATCG) Sfi I (GGCCNGGCC) Нар II (CCGG) Нра II (CCGG) Mph I (CCWGG) Msp I (CCGG) Nae I (GCCGGS) Nci I (CCWGG) Not I (GCGGCCGC) Pst I (CTGCAG) Pvu II (CAGCTG) Rsr II (CGGWCCG) Sac II (CCGCGG) ScrF I (CCNGG) Sma I (CCGGG) Sso II (CCNGG) Xma III (CGGCCG) Cfrl3 I (GGNCC) Dra II RGGCCY) EcoR I (GAATTC) Hae III (GGCC) Hga I (GACGC) Mfl I (RGATCY) Ngo II (GGCC) Nhe I (GCTAGC) Sau 36 I (GATC) Sau96 I (GGNCC) Sfi I (GGCCN5GGCC> Sin I (GCWCC) Xho II (RGATCY) Xor II (CGATCG)

a — см. пункт «a> примечаний к табл. 12. б — в скобках приведена последовательность нуклеотидов, узнаваемая данной рестриктазои. Цитозины, входящие в состав CG или CNG

страница 19
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73

Скачать книгу "Ферменты рестрикции и их применение" (1.59Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [обратная связь]

п»ї
Rambler's Top100 Химический каталог

Copyright © 2009
(20.09.2019)