Биологический каталог




Ферменты рестрикции и их применение

Автор А.А.Янулайтис

(A/T)C Hae I 1

30. (A/T)XYY'X'(A/T) 16 1 (A/T)GGCC-

(A/T)

31. X(G/A/T)YY'- 16 1 G(G/A/D- Sdu I 4

(C/A/T)X' GC(C/A/T)C

Ir . Разорванные—вырожденные последовательности-

32. PuXY(A/T)Y'X'Py 16 1

33. PuXYNY'X'Py 16 1

PuGG(A/r>

CCPy PuGGNCC-Py

PpuM I Dra II

2 4

Продолжение таблицы 8

№ п/п Тип построения Прототипы число теоретически возможных вариантов число обнаруженных вариантов последовательность узнаваемая прототипами название прототипов число известных изошизо-меров

П. Несимметрические последовательности

34. ХХХХ 120 1 сстс Mln I i

35. ХХХХХ 480 10 ACGGC BceF I i

GGATC Bin 1 3

GTCTC BsmA 1 2

ас гас Bsr I 1

GTGCC Fin 1 1

GGATG Fok I 2

GACGC Hga I 1

GGTGA Hph' I 2

GAAGA Mbo II 3

GCATC SfaN I 1

36. ХХХРиХХ 480 2 ТССРиАС Mme I 1

CAAPuCA Tthlll II 1

37. ХХХХХХ 2016 9 GAAGAC Bbv II 1

GAATGC Bsm I 1

ACCTGC BspM I 1

GAACCA Drd II 1

TCC GCC Eci I 1

GG ГСТС Eco31 I 29

GAGACG Esp3 I 1

CTCTTC Ksp632 I 2

GACCGAl i

CACCCA J laq II 1

Всего: 143 1106

Примечания: Для краткости в таблице приводится только одна цепь двухнитевой ДНК. Слева 5'-конец, справа—3'. X и Y-нуклеотиды определенной природы. X и X'; Y и Y' и т. д.— комплементарные нуклеотиды; N— любой нуклеотид; Ру, Ри — пиримидиновые и пуриновые нуклеотиды. Указание нуклеотидов в скобках означает, что любой из них может занять указанное положение в последовательности.

Литературным источником сведений, приведенных в таблице, служит список Робертса [319], дополненный не вошедшими в него данными [1 16, 24, 33, 41, 44, 47, 48, 52, 189].

жение и в том, что значительно расширился список типов участков, узнаваемых рестриктазами, который сейчас равняется 37 (см. табл. 8).

Больше половины (655) известных рестриктаз узнают короткие тетра- и гексануклеотидные последовательности, которым характерна вращательная симметрия второго порядка, т. е.

36

они являются палиндромами (обращенными повторами). Од--нако среди всех идентифицированных вариантов построения узнаваемых участков истинные палиндромы представлены только первыми тремя типами (табл. 8). Теоретически может существовать 16 различающихся по своему составу тетрануклео-тидных, 64 гексануклеотидных и 256 октануклеотидных палиндромов. Возможные варианты построения симметричных тетра- и гексануклеотидных палиндромов, в том числе все, уже выявленные в качестве участков узнаваемых рестриктазами, приведены в табл. 9. Как видно из представленных данных обнаружено 200 рестриктаз (т. е. 18% от всех охарактеризованных), узнающих 13 различных тетрануклеотидных последовательностей. Число известных ферментов, узнающих гекса-нуклеотидные палиндромы, равняется 455, т. е. составляет больше 40% от всех охарактеризованных в этом отношении рестриктаз. Субстратом этих ферментов является 51 из 64-х теоретически возможных симметричных гексануклеотидов. Среди обнаруженных палиндромов преобладают последовательности, богатые CG нуклеотидными парами. Долгое время вопрос о возможности обнаружения рестриктаз, узнаваемые участки которых состоят только из А и Т оснований, оставался открытым. Однако, в последнее время в качестве участков, узнаваемых рестриктазами уже реализованы 5 таких последовательностей: 2 тетрануклеотида — 5'-ТТАА и 5'-ААТТ, являющиеся субстратом для рестриктаз Mse I [267] и TspE I [319], и 3 гексануклеотида — 5'-ТТТААА, 5'-ААТАТТ, 5'-АТТААТ, являющиеся субстратом для рестриктаз — прототипов Aha III [391], Ssp I [319] и Vsp I [17] соответственно.

Третий тип симметричных последовательностей представляет собой октануклеотидный палиндром. Известна только одна рестриктаза (Not I), обладающая свойством узнавать такой субстрат [319].

Узнаваемые последовательности некоторых рестриктаз включают в себя нечетное число нуклеотидов (5 или 7 нуклеотидных пар). За исключением центрального нуклеотида, взаимное расположение остальных оснований в таких участках удовлетворяют требованиям вращательной симметрии второго порядка. Эти последовательности в табл. 8 представлены 4— 6 типами. Их можно рассматривать как «разорванные» тетра-или гексануклеотидные палиндромы, симметричные части которых разделены одной нуклеотидной парой. Появление в центральной части палиндромных последовательностей одной нуклеотидной пары не меняет число теоретически возможных вариантов пента- и гептануклеотидных последовательностей, по сравнению с тетра- и гексануклеотидными. Как видно из данных, представленных в табл. 8, до настоящего времени в качестве участков узнаваемых рестриктазами идентифицированы всего 6 таких пентануклетодиных и 1 гептануклеотидная

37

Палиндромные «гетра- и гексануклеотидные последовательности и рестриктазы, узнающие их

Таблица 9

п/п NXYY'X'N AXYY'X'T CXYY'X'G GXYY'X'C TXYY'X'A XYY'X' прототип число изошизоме-ров прототип число изошизоме-ров прототип число изоши-зомеров прототип число изоши-зомеров прототип число изоши-зомеров

1. ААТТ

2. ACQ Г

3. AGCT

4. АТАТ

5. CATG

6. CCOG

7. CGCG

8. CTAG

9. GATC

Ю. GCGC

И. GGCC

12. GTAC

13. ТАГА

14. TCGA

15. TGCA

16. TTAA

Всего:

TspEI 1 _ _

Мае II 1 — —

Alu I 5 Hind III 20

— — Ssp I I

Nla III 3 _ _

Нра II 17 _ _

FnuD II 23 Mlu I 3

Мае I 2 Spe I 1

Mbo I 76 Bgl II 2

Hha I 12 Eco47 III 2

Hae III 52 Stu I 7

Rsa I 3 Sea I 3

Taq I 4 Cla I 13

— — Ava III 3

Mse I 1 Vsp I 3

13 200 11 58

Mfe I PmaC I Pvu II Nde I Nco I Sma I Sac II Avr II Pvu I

Xma III Spl I

Xho I Pst I Afl II

14

1 4 7 1

9 6

50 1

15

4

2

37 57

2

EcoR I

Aat II Sac I

EcoR V Sph I Nae I

BseP I Nhe I

BamH I Nar I Ара I Kpn I Sna I Sal I

ApaL I Нра I

189

16

1 7 10

4 25 8 1

30 10

3 21

2 10

5

2

147

SnaB I

BspH I BspM II Nru I Xba I Bel I Mst I Bal I

Asu II Aha III

10

Примечание: Для краткости в таблице приводится только одна цепь двухиитевой ДНК. Слева 5'-конец. спса-^ и^еРатУРным источником сведений, приведенных в таблице, служит список Робертса [319], дополненный' не вошедшими в него данными [1, 24, 33, 41, 44, 47, 48, 52, 319]

последовательности (из 32 и 128 теоретически возможных соответственно) .

Довольно необычный тип разорванных палиндромных последовательностей (табл. 8, типы 7—8) характерен для участков узнаваемых Gsu I: 5'-CTGGAG [188] и Fsf I: 5'-CTGAAG [319]. Эти гексануклеотиды можно рассматривать как палин-дромный тетрануклеотид 5'-CTAG,

страница 12
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73

Скачать книгу "Ферменты рестрикции и их применение" (1.59Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [обратная связь]

п»ї
Rambler's Top100 Химический каталог

Copyright © 2009
(20.09.2019)