Биологический каталог




Ферменты рестрикции и их применение

Автор А.А.Янулайтис

зования их потенциальных возможностей изучать многочисленные группы культур. Очевидно, необходимы дополнительные систематические исследования представителей разных видов для проверки правильности этого предположения в отношении достижения конечной цели — выявления продуцентов новых по специфичности рестриктаз или конкурентноспособных изошизомеров, обладающих преимуществами перед известными аналогами в связи с

Таблица 7

Вариабильность субстратной специфичности рестриктаз в некоторых видах микроорганизмов

п/п Вид Число охарактеризованных рестриктаз Число рестриктаз с различной субстратной специфичное! ЬЮ Доля рестриктаз с различной субстратной специфичностью % Источник информации

1. Bacillus sphaericus 24 Б 25 1319]

2. Bacillus stearothermo-

philus 48 26 54 [319]

3. Bacillus subtilis 17 9 53 141, 52, 319]

4. Citrobacter freundii 43 12 28 Г319]

5. Enterobacter cloacae 16 6 37,5 Г319]

6. Escherichia coli 144 34 23,6 [189, 319]

7. Haemophilus influenzae 30 12 40 Г319]

8. Herpetosiphon giganteus 16 8 1 50 Г319]

9. Salmonella infantis 10 10 Г319]

10. Salmonella thompson 14 1 7 [319]

Примечание: в таблицу включены только те виды микроорганизмов, в которых выявлено и охарактеризовано не менее десяти рестриктаз.

32

большей продуктивностью штаммов или по технологическим причинам. Следуя по этому пути можно надеяться, что будут изучены закономерности распространения рестриктаз, сведения о которых необходимы для развития как теоретических, так и прикладных аспектов исследования ферментов рестрикции.

Использование в качестве продуцентов в препаративной биохимии рестриктаз ограниченного круга видов микроорганизмов позволило бы во многом унифицировать этапы их получения. Выгоды от реализации такого подхода очевидны. Однако, его результативность во многом зависит от удачного выбора объекта исследования в опытах по поиску продуцентов. Он должен решаться на основе технологических соображений и учитывать целый комплекс показателей: особенности культивирования продуцента, его патогенность, фоновое содержание нежелательных примесей в бесклеточных экстрактах и т. д.

4. ХАРАКТЕРИСТИКА СУБСТРАТНОЙ СПЕЦИФИЧНОСТИ РЕСТРИКТАЗ

Основными проявлениями специфичности, характерными для всех рестриктаз, являются: 1) узнаваемая последовательность нуклеотидов, 2) место расщепления и 3) зависимость действия рестриктаз от характера метилирования оснований в пределах узнаваемой последовательности. Некоторые другие функциональные проявления этих ферментов, а именно, способность надрезать одну нить гемиметилированной ДНК, расщеплять однонитевую ДНК и способность менять субстратную специфичность в сторону более низкой в зависимости от условий проведения реакции являются менее изученными и возможно присущи не всем рестриктазам.

4.1. Узнаваемая последовательность нуклеотидов

В настоящее время охарактеризована субстратная специфичность более чем тысячи рестриктаз (табл. 8). Среди них имеются 143 фермента, узнающих различающиеся нуклеотид-ные последовательности (прототипы). Остальные специфические эидоиуклеазы, узнающие участки ДНК, идентичные таковому одного из прототипов, входят в группу так называемых изо-шизомеров [312].

Последовательности нуклеотидов, служащие субстратом для рестриктаз, отличаются большим разнообразием в отношении первичной структуры. В то же время для них характерны некоторые общие черты. Согласно классификации, предложенной в 1982 г. Модричом и Робертсом [264], эти последовательности были разделены на 21 отличающийся по построению тип. За время, прошедшее после указанной публикации, было выявлено и охарактеризовано много новых прототипов. Это нашло отра-

3——5933

33

Таблица 8

Последовательности нуклеотидов, узнаваемые рестриктазами II типа

п/п Тип построения Прототипы число теоретически возможных вариантов число обнаруженных вариантов последовательность узнаваемая прототипами название прототипов число известных изоши-зомеров

Г. Последовательности с элементами симметрии

1а. Палиндромные последовательности

1. XYY'X- 16 13 прототипы 200

перечислены

в таблице 9

2. XYZZ'Y'X' 64 51 — » 455

3. XYZQQ'Z'Y'X' 256 1 GCGGCCGC Not I 1

16. Разорванные последовательности XY(A/T)Y'X'

XY'(C/G)Y'X'

XYZ(A/T)Z'Y'X'

XYGGY'X' XYGAY'X' XYNY'X'

XY(N)2Y'X' XYZNZ'Y'X'

XYZ(N)3Z'Y'X'

XYZ(N)4Z'Y'X' XYZ(N)5Z'Y'X'

16 3 GG(AJ>T)CC Ava II 45

GC(A/T)GC Bbv I 2

CC(A/r)GG EcoR II 59

16 3 CC(C/G)GG Cau II 19

GA(C/G)TC Pie I 2

GT(C/G)AC Tsp45 I 1

64 1 CGG(A/T) CCG Rsr II 2

16 1 CTGGAG Gsu I 4

16 1 CTGAAG Fsf I 4

16 6 GGNCC Asu I 32

CTNAG Dde I 1

GCNGC Fmi4H I 4

GANTC Hinf I 12

GTNAC Mae III 1

CCNGG SorF I 12

16 2 GG(N)2CC Nla IV 5

CC(N)2GG Sec I 1

64 3 GGrNACC BstE II 14

GCTNAGC Esp I 2

CCTNAG3 Sau I 13

64 3 CAG(N)3-CTG AlwN I 1

CAC(N)3- Dra III 1

GTG

GAC(N)3-GTC Tthlll 17

64 1 GAA(N)4-TTC Xmn I 2

64 3 GCC(N)5- Bgl I 2

GGC

CCT(N)5- EcoN I 2

AGG

34

Продолжение таблицы 8

Прототипы п/п Тип построения ело теоре-чески воз-жиых вари-то в ело обнару-:иных вари-тов следова-льно<*ть уз-ваемая про-типами звание про-типов число известных изошизо-меров

к z к ЕГ Я « О О) то о С Н К h ГО О К Н 15. XYZ(N)eZ'Y'X' 64 3 CCA(N)5- TGG CCA(N) и TGG GAC(N)e- GTC ACC(N)e- GGT CCA(N)9- TGG GGCC(N)5-GGCC РИМ I BstX I 1 3

16. 17. XYZ(N)9Z'Y'X. XYZQ(N)5Q'Z'Y'X< 64 256 1 1 Drd I HgiE II Хеш I Sfi I I 1 1 1

1в. Вырожденные последовательности

18. PuXX'Py 4 1 PuGCPy CviJ I 6

19. XYPuPyY'X' 16 3 ACPuPyGT Afl III 1

CCPuPyGG Dsa I 1

CTPuPyAG Sfe I 1

20. XYPyPuY'X' 16 2 GGPyPuCC HgiC I 20

GTPyPuAC Hind II 7

21. XPuYY'PyX' 16 2 GPuCGPyC Асу I 12

16 GPuGCPyC HgiJ II 22

22. XPyYY'PuX' 1 CPyCGPuG Ava I 15

23. PuXYY'X'Py 16 4 PuCCGGPy CfrlO I 2

PuGCGCPy Hae II 4

РиСАГйРу Nsp I 2

PuGATCPy Xho II 5

24. PyXYY'X'Pu 16 2 PyACGTPu BsaA I I

PyGGCCPu Cfr I 10

25. PyXYY'X'G 16 1 PyGGCCG Gdi I I

26. XY(A/C) (G/T)Y'X' 16 1 GT(A/C)- Acc I 1

(G/T)AC Sty I 8

27. XY(A/T) (A/T)Y'X' 16 1 CC(A/T)-

(A/T) GG NspB II 1

28. X(A/C)YY'(G/T)X- 16 1 C(A/C)GC-

(G/T)G HgiA I

29. X(A/T)YY'(A/T)X' 16 1 G(A/T)GC^ 3

страница 11
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73

Скачать книгу "Ферменты рестрикции и их применение" (1.59Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [обратная связь]

п»ї
Rambler's Top100 Химический каталог

Copyright © 2009
(23.08.2019)