МпП Hhal Fnu4H

622 59! 393 480

527 400 348 328

404 334 337 299

309 262 332 277

242 241 270 229

238 218 259 206

217 206 206 189

201 206 190 165

190 206 174 155

180 204 153 150

160 185 152 143

160 179 151 129

147 166 141 123

147 156 132 119

122 150 131 118

ПО 96 109 116

90 88 103 107

76 81 100 97

67 77 93 95

34 61 83 85

34 60 75 83

26 58 67 81

26 38 62 79

15 36 60 71-

9 30 53 65

9 27 40 57

36 53

33 51

30 46

28 45

21 34

27 18 14 7 3 3 3 3 3 3 3

Таблица 2. Размеры рестриктных фрагментов плазмиды ???153'

Bvul Rsal Hindi

3643 3486 2551

14 165 1106

Fokl Taql Avail

1584 1444 1433

853 602 1320

659 475 303

287 368 249

181 315 222

48 312 88

45 141 42

?/??? Ahalll Bgll 3618 2946 1809

32 692 1614

7 19 234

HgiM Neil Haell

1161 724 1876

619 696 439

604 665 430

587 632 370

310 363 227

291 351 181

85 226 60

53

21

Narl Nael Afcfl

2866 2776 1429

657 367 1095

113 354 1.035

21 160 98

Hinfl HgiCl Hgal

1631 1322' 867

517 1117 731

396 439 578.

298 294 '501

221 218 314

220 113 245

154 84 239

145 43 150

75 21 32

HgiDl BstNl Ddel

1994 1857 1652

657 928 540

490 383 464

382 355 426

113 121 409

21 13 166

Hphl Mboll Alul

986 790 659

853 755 655

415 592 622

387 492 521

282 271 403

227 254 257

221 196 226

207 109 136

45 78 100

34 72 63

48 15

Sau96 SfaNl ScrFI Tad Sau3A Mnll Haelll Hpall Hhal Fnum

1224 1052 696 581 876 591 587 622 393 480

616 437 592 493 665 400 458 492 337 328

352 424 525 452 358 247 434 404 332 277

274 395 363 355 341 218 339 242 270 229

249 375 351 332 317 206 267 238 259 206

222 248 313 330 272 206 234 217 206 189

191 234 218 182 258 206 213 201 190 165

179 192 199 145 105 204 192 190 174 155

124 164 184 129 91 200 184 160 153 150

88 88 121 129 78- 179 124 160 152 143

79 25 42 122 75 166 123 147 151 129

42 12 40 115 46 156 104 122 132 119

17 11 13 97 36 150 89 110 131 118

66 31 96 80 90 109 113

61 27 88 64 76 100 107

27 18 81 57 67 93 95

26 17 77 51 34 75 85

10 15 61 21 26 67 83

5 12 60 18 26 62 79

11 38 11 15 60 71

8 27 7 9 53 65

9 40 57

36 51

- 33 45

28 34

21 27

18

14

7

3x6

? См. сноски к табл. 1.

Маркеры молекулярной массы

369

Таблица 3. Размеры рестриктных фрагментов ДНК фага ? (штамм cits 857)'·2

???? Xbal Sail Kpnl Sstl Avrll Smal Pvul

33 498 24 508 32 745 29 942 24 776 24 322 19 399 14 321

15 004 23 994 15 258 17 057 22 621 24 106 12 220 12 712

499 1503 1105 74 8612 11 936

8271 9533

Sstll ?coRI BamWl Bglll Hindlll Aval Hpal Pvull

20 323 21 226 16 841 22 010 23 130 14 677 8666 21 088

18 780 7421 7233 13 286 9436 8614 6911 4421

8113 5804 6770 9688 6557 6888 5414 4268

1076 5643 6527 2392 4361 4720 4535 4194

210 4878 5626 651 2322 4716 4491 3916

3530 5505 415 2027 3730 4347 3638

60 564 1881 3408 2296

125 1674 3384 1708

1602 3042 636

2240 579

734 532

441 468

410 343

251 211

228 141 63

1 См. сноски 1 и 2 к табл. 1.

2 Данные основаны на анализе последовательности ДНК фага ? cl is 857, содержащейся в банке последовательностей ЕМВО.

ная. При нагревании в течение 10 мин при 68 °С при низкой концентрации соли и последующем быстром охлаждении происходит расхождение липких концов в «cosio-сайте. В результате образуется линейная молекула с одноцепочечными липкими концами длиной 12 нуклеотидов. В табл. 3 перечислены размеры фрагментов, которые образуются под действием ряда рестриктаз.

1.4. Обезьяний вирус 40 (SV40)

Геном SV40 представляет собой кольцевую двухцепочечную ДНК длиной 5243 bp. Она может быть переведена в линейную форму рестриктазами Accl, Bam HI, Eco RI, ?coRV, Haell, Kpnl, Mspl (Hpall), Nael или Taql. В табл. 4 перечислены другие ферменты, которые расщепляют ДНК SV40 в нескольких сайтах, а также приведены размеры фрагментов, образующихся при расщеплении.

24-953

Таблица 4. Размеры рестриктных фрагментов ДНК SV40'- 2·3

Hha\ Ndel Pstl ?????? Pvull HpM Hpa\ Avail

4753 4225 4027 3007 2007 3091 2147 1580

490 1018 1216 1566 1719 1856 2009 1525

760 1446 160 136 1067 20 995 682 430 31

Hindlll Hindi Mboll ???? Hael Ahalll Rsal Mboll

1768 1980 1347 1845 1739 1753 1605 1350

1169 1538 1264 1085 1661 739 708 756

1116 1067 945 766 383 565 675 687

526 369 610 543 348 430 551 645

447 240 396 525 329 411 497 409

215 29 384 237 300 364 351 395

20 234 109 227 318 294 383

60 83 179 315 226 375

24 33 141 153 69

24 30 14 136 71 111 57 15 65 31 30 14 13 11 10

НаеШ Aiul

1661 775 46

765 483 41

540 329 38

373 288 30

329 275 29

325 253 28

300 253 27

299 243 12

227 224 10

179 223 8

49 177 7

45 157

41 154

33 153

30 146

29 144

14 123

9 75

6 54

53

50

49

1 См. сноски 1 и 2 к табл. 1.

2 Данные основаны иа анализе опубликованной последовательности ДНК SV40 [5, 6]. • Следующие рестриктазы не расщепляют ДНК SV40: Aval, Bglll, С la I, Fnu DII,

Pvu I, Sal f, Sma I, Xba I, Xho I или Xma II.

Маркеры молекулярной массы

371

1.5. Колифаг M13mp7

Фаг M13mp7 — распространенный вектор для клонирования и секвенирования; он содержит кольцевую одноцепочечную молекулу ДНК длиной 7238 bp. Репликативная форма (RF) представляет собой двухцепочечную кольцевую ДНК. Ее можно перевести в линейную форму с помощью рестриктаз Acyl, Aval, ??? II, Avr I, Bgl I, Bgl II, Mst II, Nae I, Nar I, Pvu I, Pst I, Saw I, Sua I. В табл. 5 перечислены другие ферменты, которые расщепляют RF в нескольких сайтах, а также приведены размеры фрагментов, образующихся при расщеплении.

1.6. Бактериофаг 0X174

Этот бактериофаг Е. coli имеет одноцепочечную молекулу ДНК. Репликативная форма двухцепочечная и имеет длину 5386 bp. Ее можно перевести в линейную форму рестриктазами Aval, Avail, Mst И, Pstl, Sac II или Xho l. В табл. 6 перечислены другие ферменты, которые расщепляют ее в нескольких сайтах, а также приведены размеры фрагментов, образующихся при расщеплении.

1.7. Колифаг id

Этот колифаг, заражающий Р+-клетки, близкородствен фагу ?13. Вирион содержит одноцепочечную кольцевую молекулу ДНК длиной 6408 нуклеотидов. Репликативную форму ДНК fd можно перевести в линейную форму с помощью рестриктаз Accl или Hindi. В табл. 7 перечислены ферменты, которые расщепляют ее в нескольких сайтах, а также приведены размеры фрагментов, образующихся при расщеплении.

2. Маркеры РНК

РНК можно разделять с помощью электрофореза в недена-турирующих гелях агарозы или полиакриламида или в денатурирующих гелях — в агарозе в присутствии метилртутьгидрок-сида или в полиакриламидных гелях в присутствии 98% формамида или 8 ? мочевины [9]. Поэтому кажущаяся молекулярная масса зависит от условий электрофореза. Помимо молекул РНК, перечисленных в табл. 8, в качестве маркеров молекулярной массы в некоторых случаях можно использовать фрагменты ДНК, образованные рестриктазами (табл. 1—7).

3. Маркеры молекулярной массы полипептидов

В табл. 9 перечислены некоторые полипептиды с известной молекулярной массой, которые часто используют в качестве маркеров при электрофорезе в ПААГ—ДСН.

24»

372

Приложение I

Таблица 5. Размеры рестриктных фрагментов ДНК фага М13тр7''

Я ?? Sail Hindi BamHl EcoRl GdiU Pvull HgiM Xmnl Clal

7226 7226 7226 7214 7196 ¦ 6993 6835 6516 4949 4343

12 12 12 24 42 245 310 722 2289 2895

Asul Caull Neil Л7ш1 Hael HgiCl Haell ?coRII 5/oNI Hgal

6578 4313 4313 4020 2836 4428 3514 3975 2625 1638

446 4162 2336 2535 2813 2022 2520 1809 1684 1517

190 558 558 659 1325 324 434 952 966 1089

24 31 31, 24 264 322 433 179 871 1075

130 329 139 716 846

12 8 127 363 758

57 13 315

Sau3A Bbvl Kpnl Taql Haelll Fnu4Hl Hphl Rsal FnuOll Hpall

4020 1826 1694 1018 2527 1826 2212 1345 1290 1596

1696 1739 1241 971 1623 1739 1595 1334 889 829

507 1154 1226 927 849 891 1013 1004 772 818

434 665 792 703 341 629 589 742 681 651

332 611 666 639 31> 611 489 604 646 545

129 436 332 612 309 436 271 522 541 543

96 420 318 579 245 420 241 322 496 472

24