Биологический каталог




Ферменты. Том 1

Автор М.Диксон, Э.Уэбб

аза».

Не следует, как правило, давать ферментам отдельные названия на основании оптимальных для их действия усло-

20. Ферменты, катализирующие реакции переноса групп, называют трансфера-зами; их названия составляют по форме донор: акцептор (транспортируемая группа) трансфераза, например КФ 2.7.2.1, АТР: ацетат фосфо-трансфераза. Можно пользоваться цифрами для обозначения положения, в которое переносится группа, например КФ 2.7.1.3, АТР : D-фруктоза 1-фосфотрансфераза. Название трансфораза не применяется. В наименованиях фос-фотрансфераз как донор всегда указывается АТР. В названиях аминотрансфераз, одним из субстратов которых является 2-оксоглутарат, это соединение всегда указывается как акцептор

21. Префикс, обозначающий переносимую группу, по возможности не должен подразумевать определенный механизм переноса, например фос-фо- (не фосфат- или фосфо-рил-).

22. Систематические названия гидролитических ферментов составляются по форме субстрат — гидролаза. У гид-ролаз, специфически отщепляющих определенную группу, эта группа может быть названа в виде префикса, например аденозин — аминогидролаза (КФ 3.5.4.4). В ряде случаев фермент способен также переносить эту группу на другие

Классификация ферментов вий: такого рода названия для кислых и щелочных фосфатаз (КФ 3.1.3.1—2) следует рассматривать как исключение, а не как образец для подражания. Рекомендуемое название лизоцим (КФ 3.2.1.17) также представляет собой исключение.

Класс 4

23. Сохраняются существующие термины «декарбокси-лаза», «альдолаза» и т. п.; для гидролиаз используется термин «дегидратаза» (не «дегид-раза»). Слово «синтетаза» для ферментов этого класса не должно употребляться; для них (и для ферментов других классов, кроме класса 6) можно использовать термин «син-таза», чтобы подчеркнуть элемент синтеза в катализируемой реакции.

24. Там, где это подсказывается положением равновесия или где традиционное название фермента базировалось на определенном субстрате, за основу названия может быть принята обратная реакция с применением терминов «гидра-таза», «карбоксилаза» и т. п., например для фермента КФ 4.2.1.2 — фумаратгидратаза (лучше, чем фумараза, что означает фермент, гидролизую-щий фумарат).

молекулы, и сама реакция гидролиза может рассматриваться как перенос такой группы на молекулы воды.

23. Ферменты, отщепляющие от субстратов негидролитическим путем определенную группу с образованием двойной связи (или присоединяющие группу к двойной связи), в систематической номенклатуре обозначаются термином «лиазы». Чтобы указать тип реакции, используют префиксы: гидро, аммиак и др., например КФ 4.2.1.2, L-малат — гид-ро-лиаза. Декарбоксилазы рассматриваются как карбоксИ' лиазы. Перед словом «лиаза» всегда ставится дефис, во избежание смешения с терминами «гидролаза», «карбоксилаза» и т. п.

24. В качестве субстрата указывается молекула целиком, а не одна из частей, на которые она расщепляется. В виде префикса к термину «-лиаза» указывают более характерный и обычно (но не всегда) менее крупный из двух продуктов реакции Это может быть либо удаляемый (насыщенный) фрагмент молекулы субстрата, например у аммиак-, гидро-, тиол-лиаз и т. п., либо остающийся ненасыщенный фрагмент, как, например, в случае карбокси-, альдегид-или оксокислотных лиаз.

20*

•308

Глава 5

25. В различные подклассы лиаз входит ряд строго специфичных или группоспецифичных пиридоксаль-5'-фосфатзависи-мых ферментов, которые катализируют у 3- и у-замещенных а-аминокислот реакции элиминирования. Некоторые близкородственные 5'-фосфопиридоксалевые ферменты, например КФ 4.2.1.20, триптофансинтаза, и КФ 4.2.1.22, цистатионин—В-синтаза, катализируют реакции замещения, в которых В- или у-заместитель замещается другой группой (за счет второго субстрата) без образования двойной связи. Формально эти ферменты могут рассматриваться скорее как трансферазы, чем как лиазы. Однако и в этих случаях первая стадия реакции состоит обычно в элиминировании В- или у-заместителя и образовании ненасыщенного промежуточного продукта. Ввиду этого такие ферменты в соответствии с правилом 13 с полным основанием классифицируются как лиазы.

Класс 5

26. В этом классе большинство рекомендуемых названий подобны (с некоторыми упрощениями) систематическим названиям, на которых базируется классификация.

27. Как общее название ферментов этого класса используется термин «изомераза». Типы реакций изомеризации указываются при помощи префиксов, примеры: КФ 5.2.1.1, малеи-нат — «{ыс-грамс-изомераза; КФ 5.3.3.1, 3-оксостероид А4 — А5-изомераза; КФ 5.3.2.1, фенилпируват кетоенол-изомераза. Ферменты, катализирующие взаимные превращения альдоз и кетоз, получают название «кетол-изомераза», например КФ 5.3.1.4, L-арабиноза кетол-изомераза. Когда изомеризация состоит во внутримолекулярном переносе группы, фермент называют мутазой, например фермент КФ 5.4.1.1; когда она заключается во внутримолекулярной реакции лиазного типа, как, например, у фермента КФ 5.5.1.1, применяется термин-«лиаза» (дециклизующая).

28. Изомеразы, катализирующие реакции инверсии при центрах асимметрии, называют рацемазами или эпимеразами в зависимости от наличия в молекуле субстрата одного или более центров асимметрии; ср., например, КФ 5.1.1.5 и КФ 5.1.1.7. Чтобы указать положение атома, при котором происходит инверсия, используют цифру перед словом эпимераза.

Класс 6

29. Поскольку ферменты 29. Класс ферментов, ката-этого класса широко известны лизирующих присоединение как синтетазы, это обозначе- друг к другу двух молекул, ние сохраняется в рекомендуе- сопряженное с разрывом пи-

Классификация ферментов 309

мых названиях, чтобы избежать обширных изменений в существующей номенклатуре. Термин «синтетаза» не должен применяться для ферментов, в действии которых не участвуют нуклеозндтрнфос-фаты (см. правило 23).

30. Рекомендуемые названия составляются по форме X-Y — синтетаза, где через X-Y обозначено вещество, образующееся в результате соединения X с Y. В реакциях, где Y представляет собой СОг, в порядке исключения можно использовать термин «Х-кар-боксилаза». Не должны употребляться названия типа «X-актнвнрующнй фермент» (см. правило 5).

31. В специальном случае, когда глутамин выступает в роли донора аммиака, это можно пояснить, добавляя в скобках указание (гндролнзующая глутамин).

рофосфатной связи в молекуле АТР или аналогичного трнфос-фата, обозначается термином «лигазы». Такие ферменты прежде называли сннтетазамн. Однако такая терминология отступает от всех остальных систематических наименований ферментов, поскольку она базируется на продукте реакции, а не на субстрате. Кроме того, термином «синтетаза» стали в последнее время пользоваться неправомерно для синтезирующих ферментов, действующих без участия нуклеозндтрнфос-фатов (см. правило 23). В силу этих причин возникла надобность в новом систематическом названии для этого класса ферментов.

30. Систематическое название составляется по форме X: Y лнгаза (образующая ADP), где X н Y обозначают соединяющиеся молекулы. Выражение в круглых скобках указывает на то, что в качестве трнфосфата фермент использует АТР н что расщепление идет по концевой пнро-фосфатной связи. Таким образом реакция протекает по уравнению:

X+Y+ATP = X—Y+ADP+P,.

31. В этом случае в систематической номенклатуре следует пользоваться термином «амндо-лнгаза».

ФЕРМЕНТАТИВНЫЕ РЕАКЦИИ

Остальная часть этой главы посвящена рассмотрению химических реакций, катализируемых ферментами различных классов. Ферменты приводятся в том порядке, в котором они расположены в Списке. Глава 5

1. ОКСИДОРЕДУКТАЗЫ

К этому классу принадлежат все ферменты, катализирующие окислительно-восстановительные реакции. Субстрат, подвергающийся окислению, рассматривается как донор водорода. Систематическое название составляется по типу «донор : акцептор оксидоредуктаза». Это ферменты, участвующие в биологическом окислении и восстановлении и, следовательно, связанные с дыханием и процессами брожения. Рекомендуемое название включает, там где это возможно, термин «дегйдрогеназа»; в качестве альтернативы можно использовать термин «редуктаза». Термин «оксидаза» употребляется только в тех случаях, когда акцептором является кислород. Однако этот класс включает не только дегидрогеназы и оксидазы (1.1—1.10, 1.12, 1.16 и 1.17), но также пероксидазы (1.11), которые используют в качестве окислителя Н202, а также оксигеназы и гидрокси-лазы (1.13 и 1.14), которые катализируют включение молекулярного кислорода в окисляемую молекулу (молекулы).

Дегидрогеназы и оксидазы

Следует отметить, что типы реакций, катализируемых ферментами подгрупп 1.1 и 1.4, очень сходны. Основное отличие заключается в том, что вместо атома —О—, имеющегося в субстратах ферментов подгруппы 1.1, в субстратах ферментов подгруппы 1.4 содержится химически сходная группа —NH^. Полагают, что первой стадией при окислении аминокислот являет- v ся образование иминокислоты, которая затем распадается с образованием кетокислоты.

страница 68
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88

Скачать книгу "Ферменты. Том 1" (3.77Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [обратная связь]

п»ї
Rambler's Top100 Химический каталог

Copyright © 2009
(18.07.2018)